Михаил Глухарев родился 8 ноября 1792 года в семье священника соборной церкви Введения во храм Пресвятой Богородицы г. Вязьмы Смоленской губернии. Преподобный проходил обучение в Вяземском духовном училище, Смоленской семинарии, а затем и Санкт-Петербургской духовной академии, где сделался верным учеником святителя Филарета (Дроздова), тогда ректора академии.
На 27 году жизни Михаил был пострижен в монашество, получив имя Макария. В 1821 г. отец Макарий был возведен в сан игумена, затем архимандрита и получил в управление Костромской Богоявленский монастырь. В конце 1825 г. был уволен на покой в Киевскую Лавру по состоянию здоровья. В 1826 г. архимандрит Макарий переводится в Глинскую Богородицкую пустынь, что в Курской епархии, с целью обрести духовное руководство настоятеля пустыни игумена Филарета (Данилевского). О. Макарий, блистательно окончивший Духовную академию, хорошо изучивший языки, бывший ректором Костромской духовной семинарии и настоятелем Богоявленского монастыря, профессор богословия, архимандрит переходит в бедную глухую Глинскую пустынь, под руководство неученого, но опытного в духовной жизни отца Филарета. Ученый архимандрит с молодости и до последнего времени постоянно был под руководством: сначала у своего благочестивого родного отца - священника, потом, в Санкт - Петербургской духовной академии у отца ректора архимандрита Филарета (Дроздова). В Екатеринославе, в должности инспектора духовной семинарии - под руководством старца Ливерия, "человека святой жизни, ученика знаменитого Паисия Величковского".